Karaciğer nakli sonrası kullanılacak en önemli ilaç grubu, organ reddini önlemek için verilen bağışıklığı baskılayıcı ilaçlardır. Organ reddi riski, nakil sonrası erken dönemde en yüksek olup, zaman içinde giderek azalır. Bu nedenle bağışıklığı baskılayıcı ilaçlar, karaciğer nakli sonrası erken dönemde çok sayıda ve yüksek miktarlarda verilirken, yıllar içinde genellikle tek bir ilaca ve çok düşük dozlara düşürülür. Ancak kişi, hayatı boyunca aksatmaksızın bağışıklığı baskılayıcı tedaviye devam etmek durumundadır. Yine yüksek miktarda kullanılan bağışıklığı baskılayıcı ilaçlara bağlı erken dönemde ortaya çıkan enfeksiyon riski nedeniyle, sık görülen enfeksiyonlara karşı koruyucu antibiyotiklerin ameliyatın ilk yılında belli sürelerde kullanılması söz konusudur.Nakil sonrasında, özellikle kullanılan bağışıklığı baskılayıcı ilaçlarla etkileşen ilaç grupları bulunmaktadır. Ayrıca bağışıklığı baskılayıcı ilaçların böbrekler üzerindeki olası toksik etkilerini arttırabilecek ilaçlar da mevcuttur. Bu nedenle karaciğer nakli sonrasında, organ nakli ekibinin önerdikleri dışındaki tüm ilaçlar, nakil ekibine danışılarak kullanılmalıdır.